《醫學源流論》是一部集中反映徐大椿醫學思想的論著，其中有大量篇幅集中反映了徐氏的辯證用藥觀。有關元氣學說的論述、辨病與辯證、病與主癥、病與主方、方與主藥的關系，亡陰亡陽之分辨，重視藥性專能，提倡溯源治學，反對濫用溫補等觀點對后世頗有影響。

他在《源流論》里以很大的篇幅論述了元氣和生命以及疾病的關系,并專門寫了“元氣存亡論”的論文。認為元氣在體內首先是一種生理狀態和活動支柱,亦即功能表現和物質基礎;若機體受到創傷后,它在體內可產生一種免疫功能;若元氣受損或衰竭,則表示疾病的預后不良乃至死亡等等。故在治療一切疾病時, 都要以保護元氣和挽救元氣為根本的前提。他認為元氣包括元陰元陽兩個方面。腎之真水是元陰,命門之火是為元陽, 陰陽相貫, 水火既濟, 生化之機才會永恒不息。“命門為元氣之根, 真火之宅, 一陽居二陰之間, 熏育之主,而五臟之陰氣非此不能滋, 五臟之陽氣非此不能發。”在治療用藥時, 元陽不足患者定慎升提發散之品; 元陰不足患者, 慎用辛熱香燥傷陰耗津之劑。這一系列論述, 增添了醫者對元氣、命門更深刻的理論研究, 長期的臨床觀察, 詳盡闡明了命門的實質以及元氣和它的關系。

他在《源流論》里強調臨床醫學的規范化思想，認為“醫者必能實指其何名,遵古人所主何方,加減何藥,自有法度可循。乃不論何病,總以陰虛陽虛等籠統之談概之,而試以籠統不切之藥,然亦竟有愈者,或其病本輕,適欲自愈;或偶有一二對癥之藥,亦奏小效,皆屬誤治”批評某些醫生“惟記方數首,擇時尚之藥數種,不論何病何癥,總以此塞責,偶爾得效,自以為功。其或無效,或至于死,亦諉于病勢之常”徐氏在強調規范化的同時,并未否定靈活性的重要性。“病有經有緯,有常有變,有純有雜,有整有亂,并有從古醫書所無之病,歷來無治法者 ,而其病又實可愈”。在沒有陳法可守的情況下,醫生應當發揮主觀的創造性,運用巧思奇法, “然后天下之病,千緒萬端,而我之設法亦千變萬化,全在平時于極難極險處參悟通澈 ,而后能臨事不眩”。這種來自個人體悟、高度靈活的技巧,在臨床實踐中具有獨特的價值,是任何規范無法全部包容或完全替代的。

徐氏對于方藥的配伍運用也很有見解,他堅決反對那種不顧病人具體病情動輒用猛烈之藥截邪氣或以峻補之藥遏制邪氣而取得一時療效的做法，反對不辨虛實濫用補藥，他認為用藥之力除考慮其寒熱溫涼補瀉之性外，還要考慮其氣、味、色、質、形及所生之地，以其偏性調和臟腑；他還強調方和藥有密切的關系 ,但方和藥不能混為一談。如果“按病用藥,藥雖切中,而立方無法,謂之有藥無方;或守一方以治病,方雖良善,而其藥有一二味與病不相關者,謂之有方無藥”。因此,他要求醫家,在臨床制方遣藥之時,務必切合病情,作到既守法度,又不拘泥。使所創制之方“分觀之而無藥弗切于病情,合觀之則無方不本于古法”。