東南大學是一所綜合類重點本科院校，擁有共22個優勢專業（特色專業）。
東南大學通信工程、電子科學與技術、軟件工程（設2個專業方向）、建筑學、土木工程、交通工程、信息工程、自動化、機械工程及自動化、電氣工程及其自動化、計算機科學與技術、生物醫學工程、測控技術與儀器、熱能與動力工程、城市規劃、工程管理、數學與應用數學、材料科學與工程、道路橋梁與渡河工程、醫學影像學、新能源材料與器件、傳感網技術等專業可以說是東南大學最有優勢的特色專業了，這些專業為同類型高校相關專業和本校的專業建設與改革起到示范帶動作用。
優勢專業的詳細列表：
| 專業名稱 | 所屬領域方向 | 建設批次 | 備注說明 |
|---|---|---|---|
| 通信工程 | 通信工程 | 1 | |
| 電子科學與技術 | 集成電路 | 1 | |
| 軟件工程 | 軟件工程 | 1 | 設2個專業方向 |
| 建筑學 | 2 | ||
| 土木工程 | 2 | ||
| 交通工程 | 2 | ||
| 信息工程 | 2 | ||
| 自動化 | 2 | ||
| 機械工程及自動化 | 2 | ||
| 電氣工程及其自動化 | 3 | ||
| 計算機科學與技術 | 3 | ||
| 生物醫學工程 | 3 | ||
| 測控技術與儀器 | 4 | ||
| 熱能與動力工程 | 4 | ||
| 城市規劃 | 4 | ||
| 工程管理 | 4 | ||
| 數學與應用數學 | 6 | ||
| 材料科學與工程 | 6 | ||
| 道路橋梁與渡河工程 | 6 | ||
| 醫學影像學 | 6 | ||
| 新能源材料與器件 | 新材料 | 7 | |
| 傳感網技術 | 新一代信息技術 | 7 |
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