《勞動爭議調(diào)解仲裁法》第二十七條勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權(quán)利被侵害之日起計算。

前款規(guī)定的仲裁時效，因當事人一方向?qū)Ψ疆斒氯酥鲝垯?quán)利，或者向有關(guān)部門請求權(quán)利救濟，或者對方當事人同意履行義務而中斷。從中斷時起，仲裁時效期間重新計算。

因不可抗力或者有其他正當理由，當事人不能在本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間申請仲裁的，仲裁時效中止。從中止時效的原因消除之日起，仲裁時效期間繼續(xù)計算。

勞動關(guān)系存續(xù)期間因拖欠勞動報酬發(fā)生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間的限制;但是，勞動關(guān)系終止的，應當自勞動關(guān)系終止之日起一年內(nèi)提出。

加班工資屬于“勞動報酬”，適用特殊仲裁時效，勞動者在職期間或勞動關(guān)系終止后一年內(nèi)提出加班工資的請求都是符合仲裁時效規(guī)定的。在勞動關(guān)系終止或解除一年之后，勞動者逾期提出加班工資主張的，才受到仲裁時效限制。

其次，關(guān)于工資支付憑證保存期為兩年的規(guī)定，不能簡單地理解為限制勞動者主張加班工資的訴訟時效。

原勞動部《工資支付暫行規(guī)定》第六條規(guī)定：“用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數(shù)額、時間、領(lǐng)取者的姓名以及簽字，并保存兩年以上備查。”

根據(jù)工資支付憑證保存期為兩年的規(guī)定，用人單位在這一保存期限內(nèi)負有保存義務。用人單位履行了保存工資憑證義務，僅表明用人單位完全履行了保存期限內(nèi)工資憑證所證明的已支付相應勞動報酬這一事實。而在此兩年期間之前或之后的工資支付義務(而不是保存義務)并不能當然免責。

事實上，關(guān)于工資憑證在內(nèi)的財務憑證，財政部1998年頒布的《會計檔案管理辦法》規(guī)定了至少3年最長25年的保管期限。

第三，時效問題不能混同于勞動者對加班事實的舉證責任。

根據(jù)最高人民法院的司法解釋規(guī)定，勞動者對加班事實負有舉證責任。在雙方發(fā)生爭議前兩年內(nèi)的加班事實，勞動者負有舉證責任;對爭議發(fā)生之前超過兩年的加班事實，勞動者也負有舉證責任。勞動者盡到法律所要求的舉證義務，其加班工資的主張就應得到支持。

在考勤記錄、勞動合同、工資支付憑證、證人證言、工作記錄、用人單位的陳述等證據(jù)都可以用來證明加班事實是否存在，其證明力是否充分，并不受所謂用人單位工資憑證保存期2年之限。例如，勞動者主張勞動合同終止或解除前第3年的加班工資，提供的證據(jù)包括：勞動合同(約定了勞動者工資)、考勤記錄(載有加班的記錄)、工資單或銀行收入記錄(載明的工資收入未超過勞動合同約定工資)，再加上同事的證人證言，以及同期的有關(guān)加班事實的工作記錄等等。以時效為由一概否定其加班的事實，顯然與法相悖，也與情理不符。