1.費用支出缺乏有效控制
行政事業單位對于行政經費的支出，特別是招待費、辦公費、會議費、水電費等，普遍缺乏嚴格的控制標準；即使制定了內部經費開支標準，但仍較多采用實報實銷制。
2.固定資產控制薄弱
實行政府集中采購制度以后，行政事業單位固定資產的購置得到了有效控制，但使用管理仍缺乏相關的內部控制，重購輕管現象比較普遍。如未按規定建立起定期財產盤點制度，購置的固定資產未能及時登記入賬，未登記固定資產明細賬和實物卡片，責任不明確等，導致資產賬實不符及資產流失。
3.財務管理弱化
財務部門的工作限于記賬、算賬、報賬，與業務控制脫節，對單位重要事項的決策、實施過程和結果均不了解，未能對業務部門實施必要的財務控制和監督。票據管理不到位。未建立定期或不定期抽查制度，出現延期上繳收入，挪用公款問題；對使用后票據未能及時辦理交驗、核銷，容易導致收入不入賬、私設“小金庫”等問題。
4.崗位設置不夠合理
由于多種原因，一些單位崗位安排不盡合理，存在一人多崗、不相容崗位兼職現象。記賬人員、保管人員、經濟業務決策人員及經辦人員沒有很好的分離制約，存在出納兼復核、采購兼保管等現象，出現管理漏洞。
5.預算控制比較薄弱
首先是預算編制比較粗糙，部門預算的編制一般根據當年財政狀況、上年收支、預算單位自身的特點和業務進行核定，沒有細化到具體項目，預算支出達不到逐筆進行核定的要求。其次是預算剛性不夠，預算的計劃性、科學性不強，預算調整追加較為頻繁，資金使用缺乏預見性，削弱了預算的約束控制力。
行政事業單位內部控制中存在的問題及對策
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